MEncoder может кодировать из файлов или непосредственно с DVD или VCD диска. Просто укажите имя файла в командной строке для кодирования из файла, или dvd://номер_ролика или vcd://номер_дорожки для кодирования DVD ролика или VCD дорожки. Если вы уже скопировали DVD на жесткий диск (може воспользоваться утилитой вроде dvdbackup, доступной на многих системах), и желаете кодировать из копии, вледует по-прежнему использовать dvd:// синтаксис, вместе с -dvd-device с последующим путек к корню копии DVD. Опции -dvd-device и -cdrom-device также могут быть использованы для переопределения путей к файлам устройств для чтения прямо с диска, если значения по-умолчанию /dev/dvd и /dev/cdrom не подходят для вашей системы.

При кодировании с DVD, часто бывает желательно выбрать раздел или диапазон разделов для кодирования. для этой цели можно использовать опцию -chapter. Например, -chapter 1-4 будет кодировать только разделы DVD с 1-го по 4-й. Это особенно полезно при кодировании 1400Мб с целью уместить их на 2 CD, так как вы можете разбить фильм точно на границе раздела, вместо середины некоторой сцены.

Если у вас есть поддерживаемая карта TV захвата, вы также можете кодировать с TV входа. Используйте tv://номер_канала в качестве имени файла, и опцию -tv для настройки различный параметров захвата. DVB вход работает аналогично.